Ο Νίκος Ξυδάκης γεννήθηκε στο Κάιρο. Εκεί έζησε τα παιδικά του χρόνια, στην παρακμή μιας μεγάλης ελληνικής παροικίας. Η καταγωγή του, είναι από τα νησιά της Σάμου και της Κάσου. Στην Ελλάδα ήρθε το 1963 στο μεγαλύτερο κύμα επιστροφής των Ελλήνων της Αιγύπτου.

Η μουσική που γράφει, έντονα αναφέρεται σ’ αυτούς τους τόπους καταγωγής του και κυρίως στον αέρα ενός ολόκληρου κόσμου ελληνικού που περιπλανιόταν σε τόπους άλλοτε ιερούς, άλλοτε κοσμοπολίτικους της κοντινής Ανατολής, αλλά και σε βιώματα αυστηρά προσωπικά.

Σταθερός και επίμονος στις συνεργασίες του με στιχουργούς, ερμηνευτές, μουσικούς. Δίνεται ιδιαίτερο βάρος στα λόγια των τραγουδιών, που οι στίχοι τους προέρχονται από μία μεγάλη ποιητική παράδοση ελληνική.

Στη δισκογραφία εμφανίστηκε το 1978 με την «Εκδίκηση της γυφτιάς» έναν δίσκο που τάραξε τα νερά της δισκογραφίας και θεωρείται πως άλλαξε για πάντα την πορεία του λαϊκού τραγουδιού στην Ελλάδα.

Από το 1978 μέχρι σήμερα ο Νίκος Ξυδάκης έχει παρουσιάσει πάνω από 25 δίσκους  μουσικής και τραγουδιών. Έχει μελοποιήσει πολλούς ποιητές και έχει συνεργαστεί με εξαίρετους στιχουργούς και ερμηνευτές.  Στο θέατρο έχει γράψει μουσική για την Αρχαία Ελληνική τραγωδία και το νεώτερο θέατρο, όπως επίσης μουσική για κινηματογραφικές ταινίες και ντοκιμαντέρ.

Έχει πραγματοποιήσει συναυλίες  σε όλη την Ελλάδα, στην Κύπρο, σε χώρες του εξωτερικού όπως η Ιταλία η Γερμανία, η Ολλανδία, το Βέλγιο, η Αίγυπτος, η Αυστραλία, οι Η.Π.Α.

Του έχουν ανατεθεί συχνά μελοποιήσεις έργων και παραστάσεις βασισμένες σε αρχαία κείμενα, θρήνους και σπαράγματα.

Ιδιαίτερες στιγμές στην πορεία του:

Το 1987 εμφανίζεται για πρώτη φορά στη σκηνή, στο ΣΕΙΡΙΟ στην Πλάκα, σε παραστάσεις που επιμελήθηκε ο Μάνος Χατζιδάκις, μαζί με τον Διονύση Σαββόπουλο, τον Νίκο Παπάζογλου και τον Νίκο Πορτοκάλογλου.

Το 1988 γράφει για το Θεσσαλικό Θέατρο τη μουσική για την τραγωδία του Ευριπίδη  «ΗΛΕΚΤΡΑ», σε σκηνοθεσία Κώστα Τσιάνου και πρωταγωνίστρια τη Λυδία Κονιόρδου.

Το 2002 γράφει τη μουσική για την «Ευάδνη» στο πλαίσιο του Διεθνούς Συνεδρίου Αρχαίου Ελληνικού Δράματος στους Δελφούς σε σκηνοθεσία Θοδωρή Γκόνη και πρωταγωνίστρια την Όλια Λαζαρίδου.

Το 2006 παρουσίασε στο Μικρό Θέατρο της Αρχαίας Επιδαύρου το έργο «Θρήνοι γυναικών – Ηρωίδες του Σοφοκλή», σε απόδοση Διονύση Καψάλη, με την Ορχήστρα Καμεράτα και πρωταγωνίστριες την Όλια Λαζαρίδου, την Λυδία Φωτοπούλου, την Ανέζα Παπαδοπούλου και την Ελευθερία Αρβανιτάκη.

Το 2009 παρουσίασε στο πλαίσιο του Φεστιβάλ Αθηνών Επιδαύρου την παράσταση «RUE LEPSIUS – Mια μουσική προσωπογραφία για τον Κ.Π.Καβάφη, σε ποίηση Διονύση Καψάλη και σε σκηνοθεσία: Μάρθας Φριτζήλα. Η ίδια παράσταση παρουσιάστηκε στην Όπερα του Καϊρου και της Αλεξάνδρειας, ενώ το 2018 θα παρουσιαστεί στην Εναλλακτική Σκηνή της Λυρικής Σκηνής, στο ΙΣΝ.

Η δισκογραφική του δουλειά βασισμένη σε ποίηση της Σαπφούς, σε απόδοση Οδυσσέα Ελύτη, Διονύση Καψάλη και Κώστα Καρυωτάκη και τίτλο «Γρήγορα η ώρα πέρασε» με την φωνή της Ελευθερίας Αρβανιτάκη, θεωρήθηκε ο καλύτερος δίσκος της χρονιάς που κυκλοφόρησε (2006) και ένας από τους καλύτερους ελληνικούς δίσκους των τελευταίων ετών.

To 2006 συνθέτει τη μουσική για το έργο «Αντανακλάσεις» του Κώστα Τσόκλη, όπου μαζί με τον αρχιτέκτονα Γιώργο Τριανταφύλλου ‘αναβιώνουν’ το εγκαταλελειμένο χωριό «Μοναστήρια» της Τήνου, σε μια μοναδική εικαστική – μουσική παρέμβαση.

Το 2007 γράφει τη μουσική για το έργο του Κώστα Τσόκλη «Συμπερασματικός Οιδίπους» που παρουσιάστηκε στο Αρχαίο Θέατρο των Φιλίππων.

Το 2012, την πρώτη φορά που ο αρχαιολογικός τόπος της Σπιναλόγκας δόθηκε για πολιτιστικό δρώμενο, για μια εικαστική έκθεση του Κώστα Τσόκλη υπό την αιγίδα της Ελληνικής Εθνικής Επιτροπής για την UNESCO και την υποστήριξη του Υπουργείου Πολιτισμού – Τουρισμού, της Περιφέρειας Κρήτης και του Δήμου Αγίου Νικολάου, ο Νίκος Ξυδάκης ήταν αυτός που συνέθεσε τη μουσική που συνόδευε τον επισκέπτη στη διαδρομή. H μουσική εκδόθηκε σε cd με τίτλο «Ιερά Χρόνια».

Έξι χρόνια μετά, το 2018, επιστρέφει και μαζί με τον ποιητή Διονύση Καψάλη, δημιουργούν το έργο ΑΠΟΚΟΠΟΣ ή ΣΠΙΝΑΛΟΓΚΑ, πάνω σ᾽ ἕναν ἀφηγηματικὸ καμβὰ ποὺ παρακολουθεῖ τὴν εἰς «Ἅδου κάθοδον» ἑνὸς νοσηλευόμενου στὴ Σπιναλόγκα, πλέκουν ἄλλες ἱστορίες,  εἰκόνες καὶ περιστατικὰ ἀπὸ τὴ ζωὴ τῶν ἐγκλείστων, μὲ σταθερὴ ἀναφορὰ στὴν Αὐτοβιογραφία τοῦ Ἐπαμεινώνδα Ρεμουντάκη, στο πλαίσιο των ενεργειών για την ένταξη της Σπιναλόγκας στα Μνημεία Πολιτιστικής Κληρονομιάς της Unesco.

Την ίδια χρονιά, στο περίφημο Otranto Film Fund Festival της Ιταλίας, το Βραβείο ”BEST SOUNDTRACK” δόθηκε στον Νίκο Ξυδάκη για την ταινία ”ΙΕΡΟΣΥΛΟΙ” της Μάρσας Μακρή.

Τα δύο τελευταία χρόνια περιοδεύει μαζί με την Όλια Λαζαρίδου και την παράσταση ΜΕ ΜΙΑ ΑΝΑΠΝΟΗ, ένα αφιέρωμα στον Διονύσιο Σολωμό, καθώς και με τον ποιητή Μιχάλη Γκανά και την παράσταση ΑΕΡΑΣ ΤΗΣ ΑΓΑΠΗΣ, παράλληλα με τις άλλες συναυλίες που πραγματοποιεί και τη σύνθεση μουσικής για θεατρικές παραστάσεις.